Marek Pokorný se v devadesátých letech věnoval současnému výtvarnému umění především jako kritik. Vystřídal postupně redakce periodik Prostor, Lidová demokracie, MF Dnes a Týden.V roce 1995 založil Detail – Časopis pro vizuální kulturu, kde působil po celou dobu jeho existence jako šéfredaktor (r. 2000). Tuto svou někdejší aktivitu dnes vnímá jako pokus o vytvoření platformy k prostředkování aktuálního myšlení o výtvarném umění. Za určitého ideového nástupce Detailu na kvalitativně jiné úrovni označuje Sešity pro teorii a kritiku. Po Detailu následovalo v letech 2003 až 2004 kratší angažmá v roli hlavního kurátora brněnského Domu Pánů z Kunštátu. Od roku 2004 až do podzimu 2012 pak byl ředitelem Moravské galerie v Brně. Už v době, kdy na výtvarné scéně působil především jako „kritik z povolání“, kurátoroval několik výstav – „Čistý zisk“ v Galerii MXM (1995), „Česká abstraHce“ v Galerii Václava Špály (1996) nebo „A na co myslíš ty?“ v Galerii hlavního města Prahy (2000). Na sklonku devadesátých let připravil sérii výstav pro foyer Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR. Dle vlastních slov byl v této věci veden primárně myšlenkou osvětovou. Ve foyer PSP ČR točila (a točí) televize rozhovory s poslanci a on zamýšlel změnit situaci, kdy bylo občanům prostředkováno na televizních obrazovkách umění jednoznačně špatné.
Postupem času v činnosti Marka Pokorného vystupuje stále výraznější zájem o otázky institucionálního provozu umění. Ve svém příspěvku kritizoval pro české prostředí podle něj charakteristické „hybridy“ – instituce s nejasně vymezeným statutem, v nichž se typicky prolínají zájmy partikulární a obchodní s deklarovaným universalistickým posláním. Problémem takových institucí má být jejich inherentní nestabilita daná střetáváním vzájemně protikladných funkcí, jež přitom samy o sobě nemusí být nelegitimní. Kriticky se vymezil i vůči „naivnímu“ free-lance kurátorskému přístupu – kurátor coby autor konceptu připravuje výstavu a volba výstavní instituce představuje cosi druhotného. Ukázkou takového naivního pohledu má být třeba pojetí role kurátora v podání Jiřího Ševčíka – kurátor je tím, kdo dodává „software“ pro galerie či výstavní síně, které představují „hardware“. Svou činnost v rámci Moravské galerie tak prezentuje jako pokus o nastavení jasných pravidel provozu – pravidel, jež jsou v praxi následovatelná tím, že reflektují finanční i politickou realitu, a přitom explicitně stanovená, čímž zakládají instituci s předvídatelným chováním. K tomu podle Pokorného patří třeba i standard honorování a institucionálního servisu pro vystavující umělce. S tímto svým úsilím spojoval zároveň i naději, že, začne-li takto standardně fungovat Moravská galerie, budou se ty ostatní muset dříve či později přidat. Tato jeho naděje ovšem, jak sám přiznává, zůstala zatím nenaplněna.
Josef Ledvina